С моей точки зрения обе стороны правы, можно взвесить все + и -:
1. Большинство программ для обучения написаны под винду и линух в данном случае подходит лиш для наглядного примера разнообразности ОС;
2. Сисадмину придется попотеть (если он раньше не имел дело с линухом то могилу рыть) над настройкой ОС;
3. Если у детей есть компьютеры дома то им намного проше будет изучать предмет на винде нежели на линухе.
4. Линух больше подходит для "продвинутых" пользователей которые имеют опыт с работы виндой; таким образом получается что для школ пока актуальна винда!